El Gobierno Nacional, a través de la Dirección General de Programas y Proyectos Sectoriales y Especiales (DIPROSE) dependiente del Ministerio de Agroindustria de la Nación, será el organismo que funcione como la Unidad Ejecutora Central del Proyecto. La DIPROSE cuenta, para el cumplimiento de sus funciones y responsabilidades relativas a PRODAF, con un equipo de coordinación conformado por un Coordinador Ejecutivo, un Coordinador Técnico y un Responsable Técnico, quienes a su vez contarán con un equipo de apoyo directo para la gestión, de carácter multidisciplinario, además de la colaboración de las áreas técnicas y administrativas de la DIPROSE.
La ejecución del Proyecto a nivel provincial será responsabilidad de los Gobiernos Provinciales, que constituirán una Unidad Ejecutora Provincial (UEP). Para llevar a cabo sus funciones, las UEPs estarán a cargo de un Coordinador Provincial y de un Coordinador Técnico Provincial y tendrá, al menos, tres áreas de trabajo para el cumplimiento de sus funciones: Administración, Gestión de Proyectos y Seguimiento y Evaluación.
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Secretaría de Agricultura, Ganadería y Pesca